Goede doelen behoren zorgvuldig met de hun toebedeelde middelen om te gaan. Doorgaans is er bij instellingen sprake van een voortdurende stroom van binnenkomende en uitgaande middelen. Voor een aantal instellingen geldt dat zij, met het oog op langjarige financiering van projecten, financiële middelen moeten reserveren. In die gevallen wordt een deel van de middelen belegd, hetzij via spaarrekeningen, hetzij door de aankoop van aandelenpakketten.
Voor goede doelen zijn er spelregels voor het aanleggen en beheer van financiële reserves, vastgelegd in de Richtlijn Reserves voor Goede Doelen. Zie verder Richtlijn Reserves. Ook bestaat er voor VFI-leden een handreiking voor verantwoord vermogensbeheer. Zie verder Vermogensbeheer.
Het beleggingsverlies - waar verschillende goede doelen in het crisisjaar 2008 mee te maken hadden - is een papieren verlies en geen reëel verlies. Goede doelen beleggen voor de lange termijn. Ze hoeven veelal geen aandelen te verkopen en dus ook het verlies niet te nemen. Door een deel van hun reserves te beleggen boeken de organisaties op de lange termijn goede resultaten, betere resultaten dan wanneer zij al het gereserveerde geld op een spaarrekening zouden zetten.